Modèles, Données et Algorithmes au Service de la Santé
La recherche au CBIO est consacrée au développement de modèles et d’algorithmes permettant d’analyser et de comprendre les données biologiques, chimiques, ou cliniques. Nous privilégions l’utilisation de modèles probabilistes et de l’apprentissage automatique statistique. Notre objectif à long terme est de contribuer, grâce à de multiples collaborations, au développement de nouvelles thérapies, notamment contre le cancer.
Les données utilisées incluent par exemple celles issues du séquençage permettant de lire l’information génétique complète d’un échantillon biologique, de la spectrométrie de masse qui caractérise les protéines exprimées dans un tissu, de l’imagerie haute résolution qui suit les changements dans les cultures cellulaires ou du criblage à haut débit qui caractérise l’activité biologique d’un grand nombre de molécules. Par ailleurs, les dossiers médicaux électroniques contiennent aussi des données textuelles, d’images ou de séries chronologiques biologiques qui décrivent la dynamique des diagnostics des patients et leurs réponses aux traitements.
Nous abordons des questions d’intérêt médical ou biologique, notamment dans le cadre des projets suivants:
- En biologie fondamentale: nos travaux visent à l’intégration de données complexes et hétérogènes, notamment issues du séquençage à haut débit, de la vidéomicroscopie time-lapse ou des études d’association pangénomique, afin de reconstruire des réseaux biologiques qui permettent de modéliser la progression tumorale.
- En médecine prédictive et de précision : nous développons des outils pour classer les tumeurs et identifier des biomarqueurs pour le diagnostic, le pronostic et la prédiction de la réponse aux médicaments.
- En conception de médicaments : nous développons de nouvelles méthodes de criblage virtuel et de chimio-informatique pour identifier de nouvelles molécules susceptibles d’interagir avec des cibles thérapeutiques spécifiques, et de guider ainsi la découverte de nouveaux candidats médicaments. Nos approches prédictives concernent non seulement pour des cibles thérapeutiques de nature protéique, mais également de nature ARN.
Contacts : Thomas Walter, Véronique Stoven
Centre : Centre for Computational Biology (CBIO )
